皇極天皇四年六月，朝鮮三國使者進獻貢品的儀式，在飛鳥板蓋宮的大極殿舉行。天皇親臨，身旁有古人大兄皇子侍候，蘇我入鹿也已就座。
中大兄皇子早已和中臣鎌子（鎌足）暗中策劃誅殺入鹿。他命令衛門府關閉宮中所有的門，自己拿著長槍藏在大殿旁。又把劍交給佐伯子麻呂等人，吩咐他們：「不要失手，一口氣砍下去。」
蘇我倉山田石川麻呂宣讀上表文，可是快要讀完了，子麻呂等人還是沒有出來。石川麻呂全身冒汗，聲音和手都在發抖。入鹿起疑，問：「你為什麼發抖？」石川麻呂回答：「離天皇這麼近，誠惶誠恐，不由得流汗。」
中大兄見子麻呂等人被入鹿的威勢嚇住、不敢上前，便「呀」地大喝一聲跳了出去，和子麻呂等人一起砍向入鹿的頭和肩。入鹿大驚站起，子麻呂又砍斷他一條腿。入鹿滾到御座下，哀求說：「應當即皇位的是天之御子。我不知道自己犯了什麼罪，請明察。」
天皇吃驚地問原因，中大兄伏地奏道：「鞍作（入鹿）要滅盡皇族，傾覆皇位。」天皇起身走入殿內，子麻呂等人便把入鹿砍死了。那天下著雨，庭院積滿了水。入鹿的屍體被蓋上草蓆和屏障。第二天，他的父親蝦夷在宅邸中燒毀《天皇記》、《國記》和寶物後自盡。這時船史惠尺迅速把正在燃燒的《國記》搶出來，獻給了中大兄。