從前，津國的難波鄉住著一對老公公和老婆婆。老婆婆到了四十歲還沒有孩子，兩人很傷心，便去參拜住吉之神，祈求賜子。
於是老婆婆在四十一歲時懷孕，生下一個男孩。但這孩子身高只有一寸（約三公分），所以取名「一寸法師」。到了十二、三歲，身高也一點都沒長。
一寸法師聽到老公公和老婆婆說：「這孩子莫非是妖怪？真想把他送到別處去。」一寸法師便下定決心：「那就上京去吧。」向老婆婆要了一根針當作刀，用麥稈做了刀鞘。然後以碗為船、以筷子為槳，逆流而上，前往京城。
到了京城的一寸法師，拜訪三條宰相殿的宅邸，成了家臣。宰相殿有一位十三歲的美麗公主。一寸法師想娶公主為妻，想出了一條計策。
一天夜裡，一寸法師把供在神龕上的米，塗在熟睡的公主嘴邊。然後拿著空茶袋哭訴：「公主把我的米拿去吃了。」宰相殿大怒，把公主趕出了宅邸。一寸法師陪著公主離開了宅邸。
兩人乘坐的船被風吹著漂流，來到一座奇怪的島。這時出現兩隻鬼，一隻把一寸法師一口吞了下去。然而一寸法師從鬼的眼睛裡跳了出來。鬼們害怕地說：「這不是普通的傢伙。」丟下萬寶槌和手杖逃走了。
一寸法師揮動萬寶槌，唸道：「身子長高吧。」立刻長高，成了一位英俊的青年。再揮動萬寶槌，飯和金銀便一樣接一樣地冒出來。
回到京城的一寸法師的名聲，也傳到了天皇耳中。被天皇召見的一寸法師，原來是身分高貴人家的血統，被提拔為堀河少將。他把故鄉的父母也接到京城，據說與公主長久幸福地生活。這也是住吉之神的保佑。