露通也到這個港口（敦賀）來迎接，同行前往美濃國。靠馬代步進入大垣庄，曾良也從伊勢來會合，越人也騎馬趕來，聚集在如行的家。前川子、荊口父子，還有其他親近的人們，日夜來訪，像見到起死回生的人一樣，又是高興，又是慰勞。
旅途的疲勞還沒消除，已經到了九月六日，為了參拜伊勢的遷宮，又乘上船，
「蛤のふたみに別れ行く秋ぞ」（如同蛤蜊的殼與肉分開，我也與親近的人們分別，前往伊勢的二見。秋天也正要離去）
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元祿二年三月二十七日從江戶深川出發的芭蕉，約五個月後的八月二十日過後，抵達了美濃國的大垣。《奧之細道》的旅程，在這裡結束。
最後一句「蛤のふたみに別れ行く秋ぞ」，與啟程時的「行く春や鳥啼き魚の目は泪」巧妙地呼應。以「行く春」開始，以「行く秋」結束。以春天的離別開始的旅程，以秋天的離別結束。又以蛤蜊名產地伊勢的「二見」與殼和肉的「二身」雙關，宣告新的出發。旅程的終點，也是下一段旅程的起點。
芭蕉在這趟旅行後仍不斷推敲，《奧之細道》整理成現在的形式，據說是旅行五年後的元祿七年（1694年）左右。那年秋天，芭蕉在大坂病倒，留下「旅に病んで夢は枯れ野をかけ廻る」（旅途中病倒，夢仍在枯野上奔走）一句，結束了五十一年的生涯。
大垣市的水門川畔有「奧之細道結束之地紀念館」，船町港遺址立著芭蕉與送行人們的雕像。