離開吉野的大海人皇子一行，連夜越過伊賀，進入伊勢。途中接到大分君惠尺等人的消息，高市皇子從近江脫身前來會合。一行人固守鈴鹿關，在伊勢朝明郡的迹太川畔，遙拜天照大神。
大海人進入桑名後，先派高市皇子到不破督導軍事。在此之前，舍人村國男依等人已奔赴美濃，召集三千兵力，堵住了不破之道。不破是連接近江與東國的要道。這裡一被控制，近江朝廷就無法動員東國的兵力了。
大海人進入不破，在野上設置行宮。高市皇子從和蹔出來迎接。大海人嘆道：「近江朝廷聚集了左右大臣和足智多謀的群臣在出謀劃策。我卻沒有可以共謀的人，只有一些年幼的少年。該怎麼辦才好？」高市皇子捲起袖子、握住劍說：「近江的群臣再多，又怎能違抗天皇的威靈？我願率領諸將前去征討。」大海人稱讚他，把軍事全部交給高市皇子。
東國的兵力陸續集結，大海人的軍隊兵分兩路，向大和與近江進軍。七月二十二日，村國男依等人在瀨田橋與近江軍決戰。近江方的將領智尊設下機關，拆掉橋板，準備用繩子把橋拉落，等著來敵；但大分君稚臣身中數箭仍衝過橋去，攻破了敵陣。近江軍全面潰敗。第二天，大友皇子無路可逃，在山前自縊身亡。
第二年二月，大海人皇子在飛鳥淨御原宮即位，這就是天武天皇。